Управление Учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом Учреждения, осуществляющим непосредственное руководство Учреждением является прошедший соответствующую аттестацию Директор, принимаемый на эту должность и увольняемый с нее  распоряжением Комитета по образованию Киришского района по согласованию с Администрацией Киришского муниципального района.

Коллегиальными органами управления гимназией являются:
Общее собрание работников МОУ "Гимназия" г. Кириши,
Педагогический совет МОУ "Гимназия" г. Кириши,
Совет МОУ "Гимназия" г. Кириши,
Наблюдательный совет МОУ "Гимназия",
Методический совет,
Родительский совет,
Совет обучающихся.